自1993年成立以来，申花队一共经历2024了21位主帅，这其中，吴金贵是执教申花次数最多的教练，他曾3次走上申花主帅的岗位；而老帅徐根宝、另一位本土主帅贾秀全以及阿根廷人巴蒂斯塔都是两次执教申花。
吴金贵，
1961年1月10日[1]出生于上海市。他在北京体院读书4年，去德国留学6年，为洋帅当助理6年，能熟练地运用英文、德文。担任主帅在末代甲A率领上海申花夺取冠军（该冠军于2013年2月被中国足协收回[15]）。任教期间，他先后担任过上海申花和杭州绿城等球队主教练。
2012年9月担任山东鲁能技术总监、球队代理主教练。2013年不再担任代理主教练、继续担任球队技术总监，2014年2月辞去在鲁能俱乐部技术总监职务。2017年9月11日，上海绿地申花俱乐部官方宣布主帅波耶特提出辞职，申花方面同意波耶特的辞职申请。
由技术总监吴金贵出任球队主教练。[2]2018年12月25日， 上海绿地申花足球俱乐部经研究决定，聘请吴金贵先生担任俱乐部体育总监。
[3]2020年8月4日，青岛黄海足球俱乐部决定任命吴金贵担任青岛黄海青港一线队主教练。
[4]2021年12月13日，吴金贵辞去青岛足球俱乐部主教练一职[11][12]。
2022年3月，吴金贵第五次出任上海申花主教练。
现任主教练是曼萨诺。他是一位西班牙籍足球教练，曾担任过瓦伦西亚、马拉加等球队的主教练，并在2014年至2016年间执教中国足球超级联赛球队北京国安，带领球队夺得了一次中超联赛冠军和一次中国足协杯冠军。2019年12月，曼萨诺被任命为上海申花队的主教练，并率领球队在2020赛季中超联赛中取得了不错的成绩。
毛毅军，出生于1970年12月28日，上海人，是已退役的中国职业足球运动员，现任上海申花足球俱乐部代理主教练。
毛毅军曾经入选中国国家队参加了1997年亚洲十强赛，他的职业生涯只效力于上海申花一家俱乐部，2002年退役后，继续留队担任教练职务。
